元のスマートキーが故障していたためマスターキーとして認識することできなかったので、一度すべてのスマートキーを削除してから二つのスマートキーを登録しました。初期化などは不要で作業できました。
そしてお越しになったR様は明るく紳士的な方で安心して作業をすることができました。R様ありがとうございます。